soal mikrobiologi

1.  Deskripsi strategi pengayaan dibalik isolasi Beijerinck tentang Azotobacter?

Jawaban :

Beijerinck menambahkan atau menghapus senyawa tertentu dari media atau inkubasi dalam kondisi yang berbeda, hal itu mungkin untuk mendukung pertumbuhan mikroba tertentu dan mencegah pertumbuhan lain. Dengan membuat media yang tidak mengandung sumber nitrogen tetap dan kemudian mengerami dengan adanya udara (yang mengandung N2), Beijerinck menuntut bahwa setiap mikroba yang berkembang di media harus dapat memperoleh nitrogen yang dengan melakukan aerobic fiksasi nitrogen. Menggunakan metode ini iaberhasil mengisolasi mikroba baru (Azotobacterchroococum) dengan kemampuan ini.

1. Give an example of a medically relevant biofilm that forms in virtually all healthy humans?

jawaban

a)    Dental Caries

Dental caries can be caused by biofilm matrix formed Streptococcus mutansglucan. The biofilm coating the enamel so that other bacteria can also be attached to the matrix and forming dental plaque.

b)    OMSK

Biofilms are living in the ear that cause chronic suppurative otitis media (Omsk) is an inflammatory disease of the middle ear. It is caused by bacteria hiding in the phase of dormant (inactive) in a very thin layer, so it can be protected from antibiotics work. These bacteria are ready to re-infect the proper environmental conditions.

c)    Cystic Fibrosis

The disease is caused by P. aeruginosa to form biofilms in the lungs, causing symptoms of pneumonia.

d)    The biofilm on medical devices

Medical devices implanted into the human body such as catheters and artificial joints hoses are very susceptible to biofilm formation. Examples of frequently encountered form of microbial biofilm on the catheter hose is Candida albicans. These microorganisms are pathogens that cause yeast infections and life-threatening disease in people with poor immune systems, but in normal circumstances the immune system,C.albicans is normal microflora in humans that live in the mouth, gastrointestinal tract, and genital tract.

List of microorganisms forming the biofilm on the catheter hose :

 

2. Explain why both obligately anaerobic and obligate aerobic bacteria can often be isolated from the same soil sample ? (SOAL NO 2)

Jawab: 

Bakteri anaerob obligat adalah bakteri yang tidak membutuhkan oksigen dalam hidupnya. Bila, ada oksigen, maka bakteri akan mati. Contoh bakteri anaerob obligat antara lain Clostridium tetani (menyebabkan kejang otot), Bacteroides fragilis (menyebabkan abses atau tumpukan nanah di usus), Peptostreptococcus (menyebabkan abses otak dan abses saluran kelamin wanita), Prevotelia melaninogenica (menyebabkan abses pada rongga mulut dan faring), dan Methanobacterium (menghasilkan gas metana).

Bakteri Aerob obligat adalah mikroorganisme yang membutuhkan oksigen untuk bertahan hidup dan mati karena ketiadaan kata tersebut. Contohnya adalah bakteri Bacillus anthracis.

Bakteri aerobik adalah mereka yang membutuhkan oksigen, jadi mana tanah aerob berdrainase baik cenderung mendominasi. Anaerob adalah bakteri yang tidak memerlukan oksigen dan mungkin akan beracun. Kelompok ini termasuk jenis yang sangat kuno bakteri yang hidup di dalam agregat tanah. Bakteri anaerob mendukung basah, tanah buruk dikeringkan dan dapat menghasilkan senyawa beracun yang dapat membatasi pertumbuhan akar dan predisposisi penyakit tanaman ke akar. Jadi bakteri anaerob dapat di isolasi dari sampel yang sama dengan bateri aerob karena bakteri Anaerob obligat dapat menggunakan fermentasi atau respirasi anaerobik. Jika terdapat oksigen, anaerob fakultatif menggunakanrespirasi aerobik; tanpa oksigen beberapa diantaranya berfermentasi, beberapa lagi menggunakan respirasi anaerobik. Organisme aerotoleran hanya dapat berfermentasi. Mikroaerofil melakukan respirasi aerobik, dan beberapa diantaranya dapat juga melakukan respirasi anaerobik.

3  What is encrichment bias ?

Jawab : 

Encrichment bias : Suatu pengkulturan bakteri dilaboratorium dalam jumlah yang sedikit, yang bermanfaat untuk lingkungan ekologis bakteri .

Encrichment culture : organisme yang diinginkan melalui manipulasi kondisi menengah dan inkubasi..

4. Bagaimana pembuatan agar (media) yang berbeda dari metode penggoresan untuk mendapatkan koloni terisolasi ?

jawaban : 

Metode penngoresan/ streak plate adalah untuk mendapatkan koloni terisolasi dari inokulum dengan menciptakan daerah meningkatkan pengenceran di piring tunggal. Koloni terisolasi merupakan tiruan dari sel, yang berasal dari sel prekursor tunggal. Ketika media kultur yang diinokulasi menggunakan koloni tunggal yang terisolasi, budaya yang dihasilkan dari tumbuh bahwa klon tunggal.

Ada Metode berbeda dari penggoresan untuk mendapatkan koloni yang terisolasi adalah

Metode tebar                

Setetes inokulum di letakkan dalam sebuah medium yang berisi nutrient dalam cawan dan menggunakan batang kaca yang bengkok dan steril . inokulasi tersebut di sebarkan dalam suatu medium batang yang sama dan dapat pula digunakan untuk menginokulasi bagian pinggiran kedua bagaian dan untuk menjamin adanya penyebaran bakteri yang merata dengan baik.

Metode tuang

Isolasi menggunakan media cair dengan cara pengenceran. Dasar melakukanpengenceran adalah penurunan jumlah mikroorganisme sehingga pada suatu saat hanyaditemukan satu sel di dalam tabung.

Metode tusuk

Metodetusuk yaitu dengan dengan cara meneteskan atau menusukan ujung jarumose yang didalamnya terdapat inokolum, kemudian dimasukkan ke dalam media.

Metode sebar atau spread plate

Dilakukan dengan menyemprotkan suspensi ke atas medium agar kemudian menyebarkannya secara merata dengan trigalski. Dengan ini diharapkan bakteri terpisah secara individual, kemudian dapat tumbuh menjadi koloni tunggal

Metode Cawan Sebar (Spread Plate)

Teknik spread plate (cawan sebar) adalah suatu teknik di dalam menumbuhkan mikroorganisme di dalam media agar dengan cara menuangkan stok kultur bakteri atau menghapuskannya di atas media agar yang telah memadat, sedangkan pour plate kultur dicampurkan ketika media masih cair (belom memadat). Kelebihan teknik ini adalah mikroorganisme yang tumbuh dapat tersebar merata pada bagian permukaan agar.

Teknik Dilusi (Pengenceran)

Tujuan dari teknik ini adalah melarutkan atau melepaskan mikroba dari substratnya ke dalam air sehingga lebih mudah penanganannya. Ada beberapa tahap yang harus dilakukan sebelum melakukan teknik penanaman bakteri (inokulasi), yaitu:

1.    Menyiapkan ruangan

2.    Pemindahan dengan pipet

3.    Pemindahan dengan kawat inokulasi

 

5. In MPN (figure 22.4),  why is the actual number of culturable cells per sampe likely to be between the reciprocal of the highest dilution showing growth and the next higest dilution ?

jwb: Metode MPN digunakan untuk analisis pengayaan bakteri dalam suatu media kultur. semakin tinggi tingkat pengenceran maka semakin sedikit jumlah bakterinya, oleh karena itu hubungan ini memiliki tibal balik atau tolak menolak, sebab pad awal sampel dengan pengenceran rendah akan memiliki jumlah bakteri yang lebih sedikit, jumlah ini akibat dari pengenceran selanjutnya berasal dari pengenceran suspensi sebelumnya.

6. How might you isolate a morphologically unique bacterium present in an enrichment culture in relatively low numbers?

jwb: Pertama bakteri dipisahkan (diisolasi) dari lingklungan aslinya dan bakteri atau mikroorganisme yang lain dan kemudian ditumbuhkan pada suatu medium yang steril. Untuk mengisolasi bakteri diperlukan suatu kultur pengayaan untuk menambah jumlah bakteri yang akan diteliti karena dari sumber alaminya, bakteri yang akan diisolasi biasanya hanya ada pada jumlah yang kecil. Kultur pengayaan ini juga berfungsi untuk mengurangi jumlah bakteri lain yang tidak dibutuhkan.

Kultur pengayaan dapat disediakan dengan penggunaan media yang selektif, penggunaan kondisi inkubasi yang selektif, dan pre-treatment bakteri yang selektif. Metode penyediaan kultur pengayaan disesuaikan dengan sifat bakteri yang akan diisolasi, baik secara fisika maupun kimia, sehingga bakteri yang akan diisolasi dapat tumbuh dan berkembang dengan baik dan walaupun mikroorganisme lain masih dapat hidup, pertumbuhan dan perkembangannya tidak akan maksimal.

7. Why is it incorrect to say that the GFP is a “staining” method?

jwb: Because, The green fluorescent protein (GFP) was introduced as a marker to follow the development of fungal pathogen.8. How do stains like DAPI differ from flourescent antibodies in terms of specificity

Pada pewarnaan DAPI, memiliki pewarnaan acridine oranye, yang mana pada pewarnaan ini dilakukan pada pewarnaan spesifik DNA, pada semua mikroorganisme dalam sampel diwarnai, tetapi pada pewarnaan DAPI dan acridine oranye ini tidak dapat membedakan antara sel hidup dan sel mati atau antara mikroorganisme yang berbeda spesies, sehingga pewarnaan ini tidak dapat digunakkan untuk menilai sel viabilitas atau untuk melacak spesies mikroorganisme dalam suatu lingkungan, tetapi  jika menggunakan antibodi flourscent akan menjadi lebih spesifik, spesifisitas antibodi lebih besar terhadap konstituen permukaan sel yang mana dapat dimanfaatkan sebagai sarana mengidentifikasi atau melacak organisme tertentu di habitat yang bercampur banyak organisme, seperti di tanah atau sampel klinis. Metode ini membutuhkan persiapan antibodi spesifik terhadap organismesering memakan waktu dan prosedur yang sulit, dan pada kebanyakan kasus mengharuskan melakukan pemurnian untuk mendapatkan organisme yang diinginkan.

9. What structure in the cell is the target for fluorescent probes in phylogenetic FISH ?

jwb: Fluoresensi in situ hybridization ( FISH ) dengan probe rRNA bertarget adalah, antara lain , teknik pewarnaan yang memungkinkan identifikasi filogenetik bakteri dalam kumpulan campuran tanpa budidaya sebelum melalui epifluorescence dan confocal laser yang pemindaian mikroskop , atau dengan aliran cytometry . Secara teori , setiap ribosom dalam sel bakteri , yang mengandung satu salinan setiap 5S , 16S rRNA 23S dan , ternoda oleh satu penyelidikan molekul selama hibridisasi prosedur , tingginya jumlah ribosom per sel sehingga memberikan sinyal alami sistem amplifikasi metode .suatu terutama didasarkan pada meningkat pesat set subunit kecil bakteri ( 16S rRNA ) urutan rRNA , yang telah mengumpulkan selama dekade terakhir untuk studi filogeni mikroba. Pada tingkat lebih rendah , probe telah dibangun yang menargetkan subunit besar rRNA ( 23S rRNA )  ini , bagaimanapun, masih terhambat dengan jumlah yang relatif kecil dari yang tersedia urutan 23S rDNA .

10. IKAN dan CARD-FISH dapat digunakan untuk mengungkapkan hal yang berbeda tentang sel di alam. jelaskan

jwb: CARD-FISH menggabungkan CARD dari tyramides fluorescently berlabel dengan identifikasi-sel tunggal oleh IKAN. fluoresensi in situ hybridization (FISH) telah menjadi salah satu yang paling rutin digunakan teknik molekuler dalam mikrobiologi lingkungan. IKAN dapat digunakan untuk mendeteksi, mengidentifikasi, dan menghitung mikroorganisme lingkungan tanpa memerlukan budaya, dan oleh karena itu telah digunakan untuk membantu menjelaskan ekologi mikroba dari berbagai habitat, termasuk tanah, sedimen, lingkungan perairan, dan lumpur direkayasa.

Dalam IKAN dan CARD-FISH, probe oligonukleotida dengan urutan-takson tertentu mengikat langsung ke rRNA. Untuk CARD-FISH, probe terikat ke horseradish peroksidase besar (HRP) enzim, yang mengkatalisis pengendapan banyak tyramides neon, meningkatkan intensitas fluoresensi. HRP terlalu besar (~ 40 kDa) menyebar secara bebas ke dalam sel , sehingga sel-sel pertama harus permeabilized oleh sebagian merendahkan dinding sel mereka (15). Dalam variasi lain, yang disebut polyribonucleotide IKAN, hampir full-length amplikon gen ribosomal RNA ditranskripsi untuk dengan fluorescently tag ribonucleotides.

 Sinyal yang dihasilkan sangat terang; Namun, panjang lebar probe membuat sulit untuk percaya kekhususan mengikat populasi sasaran. Pada prinsipnya, setiap metode FISH ini mengkuantifikasi sel hanya layak oleh pencitraan sel utuh bukan molekul tunggal, seperti DNA atau lipid yang mungkin berasal dari puing-puing sel detrital, dan dengan menargetkan rRNA, yang diduga terdegradasi dengan cepat setelah kematian sel. Pengukuran bias terhadap populasi mikroba yang urutan rRNA tidak sepenuhnya sesuai probe atau, dalam kasus CAR

D-FISH, yang dinding sel yang tahan terhadap prosedur Permeabilisasi.

12.       What surprising finding has come out of many molecular studies of natural habitats using 16s rRNA as the target gene? jwb: 1.1 Isolation and screening molecular lactic acid bacteria gen glukansukrase host of food and drink containing sugar. 1.2 Amplification of COI and 16S rRNA gene of Marine Invertebrates Plakobranchus ocellatus. 1.3 Based on the definition of prokaryotes Species Gene Sequence Bases Coding 16s rRNA and protein-coding genes

15. How do environmental genomic approaches differ from microbial community analyses , such as that based on 16s rRNA gene analysis.

jwb: Berdasarkan analisis gen 16s rRNA. Pendekatan genomik lingkungan atau Metagenomik yaitu  suatu teknik analisis genomik culture-independent dari suatu komunitas mikroorganisme dari sampel alam. Metagenomik ini memberikan kesempatan untuk mendapatkan genom berbagai bakteri rizosfer, bakteri endofit dan bakteri penambat nitrogen yang diperoleh secara langsung dari sampel tanpa melalui tahapan kultivasi. Serta komunitas mikroba hanya bisa penambat nitrogen berdasarkan gen nifH.

Analisis urutan gen 16S rRNA umumnya digunakan di sebagian besar mikroba.Namun, menjadi molekul yang sangat dilestarikan, karena 16S rRNA  gen tidak memberikan resolusi yang cukup di spesies dan galur level.

No.16 How can the most metabolically active cell populations in a community be identified using environmental genomic methodes?

Bagaimana populasi sel yang paling aktif secara metabolik dalam komunitas diidentifikasi menggunakan metode genomik lingkungan?

Jawaban

Populasi sel yang paling aktif adalah sentriol karena produktif sebagai pembelahan sel. Metode genom lingkungan adalah metode genetik yang dipengaruhi oleh faktor eksternal yaitu pH, dan keadaan lingkungan laiinya. Penanda genetik, juga disebut dengan penanda, marker, marka, atau markah di berbagai kepustakaan, merupakan penciri individu yang terlihat oleh mata atau terdeteksi dengan alat tertentu yang menunjukkan genotipe suatu individu. Bentuknya dapat berupa penampilan fenotipe atau morfologi tertentu, kandungan senyawa (protein atau produk biokimia tertentu), berkas (band) pada suatu lembar hasil elektroforesis gel atau kromatogram, atau hasil pembacaan sekuensing. Suatu penanda genetik dapat diketahui lokasinya pada kromosom maupun tidak. Penanda yang lokasinya dapat diketahui pada kromosom lebih disukai karena dapat memberikan informasi lebih jauh menuju karakterisasi suatugen.

17. Why are radioisotopes so useful in measuring microbial activities?

jwb: We’ll turn to measuring microbial activities in nature. There are three major ways that this work is done: using radioisotopes; using microelectrodes; and using stable isotopes. One major disadvantage here is that we don’t know who’s doing what – we only can measure the collective microbial activity of the entire community.

a.     In some cases, direct chemical measurements can be used to examine microbial activity. For a more sensitive analysis, radioisotopes are used. For example, if one were to study photosynthesis, one might place radiolabelled CO2 into the microbial community, and could compare its concentration under light and dark conditions. Controls are very important in this work.

b.    b. In some cases, microelectrodes are used. In this case, tiny electrodes are moved by micromanipulators to particular places or depths in a sample. These are frequently used, for example, in the study of stratified ecological roles in microbial mats (different activities at surface, interior of mat, base of mat), even though the mats may be only a few millimeters thick.

 

18. What is the simplest explanation for why lunar sulfides are isotopically similar to those of    the primordial earth ?

jwb:      Secara teoritis dunia pra kehidupan purba merupakan dasar utama teori asal usul kehidupan heterotropik, dimana satu mekanisme dapat bertanggung jawab atas beberapa senyawa organik lain  yang harus ada dalam lingkungan primitive tersebut .

Atmosfer purba terdiri dari metana, amonia, uap air dan gas hidrogen. Adanya energi alam (endogen dan eksogen)  dari dalam atmosfer  kemudian mereduksi sulfida logam di dasar laut dalam, serta dari komet, meteorit, dan debu antar planet. Keberadaan mekanisme non biologis yang beraneka ragam  dimana monomer yang relevan secara biokimia dapat di sintesis dalam kondisi prebiotik.  pembentukan senyawa organik secara prebiotik ini berdasarkan pada eksperimen dalam sistem model pada sebuah percobaan . standar pendekatan inilah yang kemudian  didukung  oleh fakta  bahwa  meteorit  karbonat mengandung sebagian besar jenis senyawa yang sama dengan bumi purbakala. Perbandingan ini menunjukkanbahwa sangat mungkin sintesis organik nonbiologis yang sama juga  terjadi di Bumi primitif.

19. apa komposisi isotop yang diharapkan karbon di methanotrophs?

Jawab : 

          Methanotrophs adalah prokariota yang mampu memetabolisme metana sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi . Mereka dapat tumbuh aerobik atau anaerobik dan membutuhkan senyawa tunggal karbon untuk bertahan hidup . Dalam kondisi aerobik , mereka menggabungkan oksigen dan metana membentuk formaldehida , yang kemudian dimasukkan ke dalam senyawa organik melalui jalur serin atau monofosfat ribulosa ( pantat ) jalur .

21. how can stable isotope probing reveal the identity of an organism that carries out a particular process?

jwb: Stable isotope probing (SIP) is a technique that is used to identify the microorganisms in environmental samples that use a particular growth substrate. The method relies on the incorporation of a substrate that is highly enriched in a stable isotope, such as ¹³C, and the identification of active microorganisms by the selective recovery and analysis of isotope-enriched cellular components. DNA and rRNA are the most informative taxonomic biomarkers and ¹³C-labelled molecules can be purified from unlabelled nucleic acid by density-gradient centrifugation. The future holds great promise for SIP, particularly when combined with other emerging technologies such as microarrays and metagenomics.

21. How can stable isotope probing reveal the identity of an organism that carries out a particular process

Answer:

Radioactive isotopes can be detected and measured the amount of radiation it emits when it decays into more stable atoms. Fossil contains isotopes of elements that accumulate in organisms when they are still alive. Because each radioactive isotopes have a decay rate that has been fixed, the isotope can be used to determine the age of a specimen.

24. How does an ecosystem differ from a habitat? (Bagaimana ekosistem berbeda dengan habitat?)

jwb: Habitat dan ekosistem adalah dua komponen yang berbeda dari ekologi, tapi keduanya akan ditemukan di satu tempat. Sebuah ekosistem berisi banyak habitat, dan yang menjelaskan hubungan antara dua komponen secara ringkas. Dengan kata lain, habitat adalah rumah dalam desa ekosistem.

Habitat, menurut definisi, adalah lingkungan atau kawasan ekologi yang dihuni oleh organisme apapun. Habitat mengelilingi populasi satu spesies, dan itu menentukan distribusi spesies tertentu. Organisme atau populasi secara alami lebih memilih untuk tinggal di lingkungan tertentu, yang penuh dengan sumber daya untuk mereka, dan lingkungan yang menjadi habitat mereka akhirnya. Itu berarti habitat bisa menjadi tempat dengan energi atau sumber nutrisi bagi organisme atau seluruh populasi tergantung pada kebutuhan mereka.

Ekosistem adalah seluruh unit entitas biologis dan fisik tertentu, daerah pasti atau volume. Ekosistem terutama terdiri dari komunitas, yang merupakan kombinasi dari populasi. Ekosistem terbentuk jika komponen ini hadir, yang meliputi perputaran energi, di tempat tertentu. Organisme akan masuk ke relung yang tersedia dengan mencari habitat yang tepat dan tinggal di lingkungan yang disukai. Jika tempat tertentu bisa mempertahankan kehidupan tanpa berkurang, tempat akhirnya dapat menjadi sebuah ekosistem.

25. What are the characteristics of a microbial population?(Apa karakteristik dari populasi

mikroba).

Jawab:  KarakteristikBeberapaKelompokMikroba

Ada beberapa kelompok Mikroba atau Mikroorganisme yakni: Bakteri, Arkhaea, Jamur, Protozoa, Algae, dan Virus. masing masing kelompok memiliki ciri khas tersendiri. Ciri ciri secara umum yang dimiliki adalah sebagai Bakteri

             - uniseluler

             - prokariot, karenatidakmemilikinukleus

             - terdapat 3 bentukdasar. yakni basil(batang),

kokus(bulat), dan spiral.

             - memilikidindingutama yang terdiridari

"peptidoglikan"

             - bereproduksidengan "binary fission" atau

pembelahanbiner

            -sebagianmemiliki flagella sebagaialatgerakmotil.

            -dapatmemanfaatkanberbagaisumberkarbonuntuk

nutrisinya.

Arkhaea

   - prokariotik

   - memilikidindingsel yang tidakdilapisioleh

peptidoglikan.

   - mampuhidupdalamlingkungan yang "ekstreem"

seperti, kadargaram yang tinggi, ataupunph

ekstreem.

   - memiliki 3 golongan, yaknimetanogen, halofil

ekstrim, dantermofilekstrim.

Jamur

   - eukariotik, karenamemilikinukleus.

   - dapatberupamultiseluler (molds and mushroom),

maupununiseluler (ragiatau yeast).

   -memilikidindingsel yang tersusundarikhitin.

   -mendapatkannutrisidarimateriorganik di

lingkungannya.

 

Protozoa

   -eukariotuniseluler

   -mendapatkanmakanandengancara "absorption"

ataupencernaan yang melaluistrukturkhusus.

   -bersifatmotil, ataupergerakan yang dibantu cilia,

flagella, maupun pseudopods.

 

Algae

   -eukariotuniselulerataupunmultiseluler.

   -dapatberfotosintesis.

   -dindingselmengandungselulosa.

   -memproduksioksigendankarbohidrat yang

digunakanolehorganisme lain.

Virus

   -memilikistrukturtubuh non-seluleratautidak

tersusunatas sel.

-hanyadapatmemperbanyakdiri di dalamtubuh

inang.

-parasitselhidup.

-terdiridariintiasamnukleat (DNA atau RNA).

-intidibungkusolehselubung protein.

-selubungintiterbungkusolehpenutup lipid.

26.       What characteristics define the prime niche of particular

microorganism?

jwb: Jadi, “prime niche”: ialah niche  yang paling mendukung spesifik metabolisme suatu mikroorganisme, yakni berdasarkan bahan yang dibutuhkan nya untuk bertahan hidup atau menghasilkan energy sehingga memungkinkan keberadaan mikroorganisme paling sukses atau paling baik pertumbuhannya dalam relung (niche) tersebut.

            Karakteristik “prime niche”

1.  Menyediakan bahan mencukupi untuk mendukung metabolisme

2.  Mikroorganisme paling banyak berada dalam niche tersebut di banding niche lainnya

27. Mengapa banyak kelompok fisiologis yang berbeda dari organisme dapat hidup dalam habitat tunggal?

JAWABAN:

Makhluk hidup di dunia ini sangat beragam. Setiap makhluk hidup memiliki ciri- ciri khusus yang membedakannya dengan makhluk hidup yang lain, tetapi ada beberapa makhluk hidup yang memiliki satu atau lebih persamaan. Persamaan dan perbedaan itulah yang dijadikan dasar klasifikasi makhluk hidup. Ilmu tentang pengelompokkan makhluk hidup ini disebut TAKSONOMI. Dasar pengelompokkan makhluk hidup ini adalah adanya persamaan dan perbedaan ciri- ciri morfologi, anatomi, fisiologi, tingkah laku, dan lain-lain. Prinsip dan cara mengelompokkan makhluk hidup menurut ilmu taksonomi adalah dengan membentuk TAKSON. .

TAKSON adalah kelompok makhluk hidup yang anggotanya memiliki banyak persamaan ciri. Takson dibentuk dengan jalan mencandra objek atau makhluk hidup yang diteliti dengan mencari persamaan ciri maupun perbedaan yang dapat diamati.

28. Why might a biofilm be a good habitat for bacterial cells living in a flowing system ? (soal no : 28) (mengapa biofilm menjadi habitat yang baik bagi kehidupan sel bakteri dalam suatu aliran ?)

jwb: (Biofilm bisa menjadi habitat yang baik bagi kehidupan sel-sel bakteri karena Biofilm berperan sebagai sistem proteksi bagi mikroba terhadaplingkungan fisik yang ekstrim misalnya kekurangan nutrien, perubahan pH, suhu, dan kekeringan juga terhadap senyawa kimia yang merugikan seperti antibiotik, deterjen, desinfektan, dan agen anti biofouling .  Bila lingkungan berubah menjadi ekstrim, pertumbuhan sel-sel dalam biofilm akan bertahan pada fase stationer.  Matriks biofilm berfungsi sebagai :

a.     Protektan bagi populasi mikroba

b.    Memfasilitasi komunikasi antar sel melalui sinyal biokimia

c.     Membantu distribusi nutrien dan sinyal kimia

d.    Biofilm membantu mikroba dalam meningkatkan daya resistensinya terhadap senyawa antimikroba

e.     Biofilm juga merupakan bentuk pertahanan mikroba terhadap phagosit  dan sistem imun)

30. Which phylum of bacteria dominates soil bacterial diversity?

jwb: Dalambuku Landmark, edisi kedua dari Pengantar ke Mikrobiologi Tanah , Martin Alexander menuliskan keberadaan dan mempertimbangkan jenis penting dari bakteri tanah, berlandaskan penanaman belajar. Dia menyarankan anggota itu dari sembilan jenis yang berpengaruh nyata di tanah: Agrobacterium, Alcaligenes, Arthrobacter, Baksil, Flavobacterium, Micromonospora, Nocardia, Pseudomonas, dan Streptomyces. Sejak 1977, dua hal-hal yang mengubah kebenaran dari daftar ini telah terjadi. Pertama, banyak jenis telah mengalami revisi taxonomic, dan beberapa jenis mereka telah tergolong kedalam jenis baru atau lain. Hal ini memang benar untuk jenis Flavobacterium dan Pseudomonas . Kedua, survei dari 16S gen rRNA yang tanah telah mengijinkan berbagai sensus langsung dari bakteri tanah, tanpa pembatasan yang tidak bisa dipisahkan di pembahasan berdasar cocok tanam.

31. what factors govern the extent and type of microbial activity in soil? faktor-faktor apa saja yang mengatur tingkat dan jenis aktivitas mikroba di dalam tanah?

Jawab.. Jumlah nutrisi anorganik seperti fosfor dan nitrogen. Faktor utama lain yang mempengaruhi aktivitas mikroba dalam tanah adalah ketersediaan air, Kelembapan dan temperatur tanah, potential REDOX, pH, sumber Karbon dan potential REDOX, pH, sumber Karbon dan hara, komposisi ionik, faktor tumbuh

32. Why is sulfate (SO₄^-2) added to a Winogradsky coloumn?

Jadi, penambahan sulfat (SO4-2) dalam kolom wonogradsky adalah karena sulfat berfungsi sebagai akseptor proton untuk mereduksi sulfat dan menghasilkan sulfida

1.  What is a metagenome ? (Apa itu metagenom?)

jwb: Metagenome: The collection of genomes and genes from the members of a microbiota. Or all the genetic material present in an environmental sample, consisting of the genomes of many individual organisms.

(Metagenom: Kumpulan genom dan gen dari anggota sebuah mikrobiota. Atau semua materi genetik yang hadir dalam suatu lingkungan, yang terdiri dari banyak genom organisme individu.)

What are the advantages of flow cytometry, relative to microscopy, for caracterizing a microbial community?

jwb:

Flow sitometri merupakan suatu metode yang diaplikasikan untuk mampu menganalisa berbagai komponen seluler ,organel, bahkan fungsi maupun mikroba. Cytometry dapat didefinisikan sebagai pengukuran sifat fsika dan kimiawi sel. Pengukuran ini biasanya dilakukan mengguanakan sinar atau mikroskop fluresens. Flow sitometri adalah pengukuran karakteristik fisika dan atau kimiawi sel pada saat mengalir satu persatu melewati suatu perangkat pengukuran.

Kelebihan dari flow cytometry setidaknya ada tiga faktor utama, yaitu multiparameter akuisisi data dan analisis data multivariate, kecepatan analisis sel, dan kemampuan dalam penyortiran sel pada mikroba.

1.  Multiparameter akuisisi data dan analisis data multivariate

2. Kecepatan analisis sel

3. Kemampuan penyortiran sel

33. Why could allopatric speciation be possible in the deep subsurface?

Jawab : Spesiasi alopatrik adalah spesiasi yang berlangsung ketika populasi spesies yang sama terisolasi satu sama lain hingga tak terjadi pertukaran gen. Hal ini terjadi karena perubahan geografis seperti pembentukan pegunungan, pulau, atau kegiatan manusia berskala besar seperti pembangunan jalan dan persebaran penduduk. Populasi yang terpisah tersebut kemudian saling menjauh secara genotip atau fenotip dari populasi awal karena menghadapi seleksi alam yang berbeda dari populasi awal dan kemunculan mutasi yang berbeda di  gen masing-masing populasi. Seiring berjalannya waktu, populasi yang terpisah akan berevolusi dan mengembangkan karakter yang berbeda. Bila batas geografis nantinya hilang, anggota kedua populasi mungkin sudah tak mampu untuk melakukan perkawinan, sehingga keduanya telah menjadi spesies yang berbeda.